乙醛酸循环(glyoxylate cycle):

是某些植物、细菌和酵母中柠檬酸循环的修改形式，通过该循环可以由乙酰CoA经草酰乙酸净生成葡萄糖。乙醛酸循环绕过了柠檬酸循环中生成两个CO2的步骤。

戊糖磷酸途径(pentose phosphate pathway)：

也称之磷酸己糖支路(hexose monophosphate shunt)。是一个葡萄糖-6-磷酸经代谢产生NADPH和核糖-5-磷酸的途径。该途径包括氧化和非氧化两个阶段，在氧化阶段，葡萄糖-6-磷酸转化为核酮糖-5-磷酸和CO2,并生成两分子的NADPH;在非氧化阶段，核酮糖-5-磷酸异构化生成核糖-5-磷酸或转化为酵解中的两个中间代谢物果糖-6-磷酸和甘油醛-3-磷酸。

糖醛酸途径(glucuronate pathway)：

从葡萄糖-6-磷酸或葡萄糖-1-磷酸开始，经UDP-葡萄糖醛酸生成葡萄糖醛酸和抗坏血酸的途径。但只有在植物和那些可以合成抗坏血酸(维生素C)动物体内，通过该途径可以合成维生素C。

无效循环(futile cycle)：

也称之底物循环(substrate cycle)。一对催化两个途径的中间代谢物之间循环的方向相反、代谢上不可逆的反应。有时该循环通过ATP的水解导致热能的释放。例如，葡萄糖+ATP=葡萄糖-6-磷酸+ADP与葡萄糖-6-磷酸+H2O=葡萄糖+Pi反应组成的循环反应，其净反应实际上是ATP+H2O=ADP+Pi。

磷酸解(作用)(phosphorolysis):

在分子内通过引入一个无机磷酸形成磷酸酯键而使原来键断裂的方式。实际上引入了一个磷酰基。

半乳糖血症(galactosemia):

人类的一种基因型遗传代谢缺陷，特点是由于缺乏1-磷酸半乳糖尿苷酰转移酶导致婴儿不能代谢奶汁中乳糖分解生成的半乳糖。

尾部生长(tailward growth):

一种聚合反应机理，经过活化的单体的头部结到聚合物的尾部，连接到聚合物尾部的单体的尾部又成了接收下一个单体的受体。

糖异生作用(gluconeogenesis)：

由简单的非糖前体转变为糖的过程。糖异生不是糖酵解的简单逆转。虽然由丙酮酸开始的糖异生利用了糖酵解中的7步近似平衡反应的逆反应，但还必须利用另外4步酵解中不曾出现的酶促反应绕过酵解中的三个不可逆反应。

呼吸电子传递链(respiratory electron-transport chain)：

由一系列可作为电子载体的酶复合体和辅助因子构成，可将来自还原型辅酶或底物的电子传递给有氧代谢的最终电子受体分子氧(O2)。

氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)：

电子从一个底物传递给分子氧的氧化与酶催化的由ADP和Pi生成ATP的磷酸化相偶联的过程。

化学渗透理论(chemiosmotic theory)：

一种学说，主要论点是底物氧化期间建立的质子浓度梯度提供了驱动由ADP和Pi形成ATP的能量。

解偶联剂(uncoupling agent):

一种使电子传递与ADP磷酸化之间的紧密偶联关系解除的化合物，例如2,4-二硝基苯酚。

P/O比(P/O ratio)：

在氧化磷酸化中，每1/2O2被还原时形成的ATP的摩尔数。电子从NADH传递给O2时，P/O比为3，而电子从FADH2传递给O2时，P/O比为2。

高能化合物(high energy compound)：

在标准条件下水解时自由能大幅度减少的化合物。一般是指水解释放的能量能驱动ADP磷酸化合成ATP的化合物。

叶绿体(chloroplast)：藻类和植物中含有叶绿素进行光合作用的器官。

叶绿素(chlorophyll)：

光合作用膜中的绿色色素，它是光合生物中主要的捕获光的成分。

辅助色素(accessory pigments):

在植物和光合细菌中象类胡萝卜素、叶黄素和藻胆(色)素那样吸收可见光的色素，这类色素是对叶绿素捕获光能的补充。

光合作用(photosynthesis)：绿色植物或光合细菌利用光能将CO2转化成有机化合物的过程。

光合磷酸化(photophosphorylation)：

在叶绿体ATP合成酶催化下依赖于光的由ADP和Pi合成ATP的过程。

光反应(light reactions)：光合色素将光能转变成化学能并形成ATP和NADPH的过程。

暗反应(dark reactions)：

利用光反应生成的ATP和NADPH的化学能使CO2还原成糖或其它有机物的一系列酶促过程。

Calvin 循环(Cavin cycle):

也称之还原戊糖磷酸循环(RPP cycle: reductive pentose phosphate cycle)，C3途径(C3 pathway)。在光合作用期间，将CO2还原转化为糖的反应循环。是植物用于固定二氧化碳生成磷酸丙糖的循环途径。

C4途径(C4 pathway)：

一些植物中固定碳的途径，其特点是通过使CO2浓缩减少光呼吸。在该途径中，在叶肉细胞CO2被整合到C4酸中，然后C4酸在维管束鞘细胞被脱羧，释放出的CO2被Calvin 循环利用。

光呼吸(photorespiration)：

植物依赖光摄取氧进行磷酸乙醇酸代谢的过程。光呼吸之所以发生是由于O2可以与CO2竞争核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶的活性部位。

β氧化途径(βoxidation pathway)：

是脂肪酸氧化分解的主要途径，脂肪酸被连续地在β碳氧化降解生成乙酰CoA，同时生成NADH和FADH2，因此可产生大量的ATP。该途径因脱氢和裂解均发生在β位碳原子而得名。每一轮脂肪酸β氧化都是由4步反应组成：氧化、水化、再氧化和硫解。