活性部位(active site):

酶中含有底物结合部位和参与催化底物转化为产物的氨基酸残基的部分。活性部位通常都位于蛋白质的结构域或亚基之间的裂隙或是蛋白质表面的凹陷部位，通常都是由在三维空间上靠得很近的一些氨基酸残基组成的。

酸-碱催化(acid-base catalysis)：质子转移加速反应的催化作用。

共价催化(covalent catalysis)：

一个底物或底物的一部分与催化剂形成共价键，然后被转移给第二个底物。许多酶催化的基团转移反应都是通过共价催化方式进行的。

靠近效应(proximity effect)：

非酶促反应或酶促反应速率的增加是由于活性部位处反应剂有效浓度增大(底物靠近活性部位)的结果，这将导致更频繁地形成过渡态。

初速度(initial velocity)：

酶促反应最初阶段底物转化为产物的速度，这一阶段产物的浓度非常低，其逆反应可以忽略不计。

米氏方程(Michaelis-Menten equation):

表示一个酶促反应的起始速度(v)与底物浓度([S])关系的速度方程，v=Vmax[S]/(Km+[S])。

米氏常数(Michaelis constant,)(Km)：

对于一个给定反应，导致酶促反应速度的起始速度(v0)达到最大反应速度(Vmax)一半时的底物浓度。

催化常数(catalytic number)(Kcat):

也称之转换数(turnover number)。一个动力学常数，是在底物浓度处于饱和状态下，一个酶(或一个酶活性部位)催化一个反应有多快的测量。催化常数等于最大反应速度除以总的酶浓度(Vmax/[E]total)，或者是每摩尔酶活性部位每秒钟转化为产物的底物的摩尔数。

双倒数作图(double-reciprocal plot):

也称之Lineweaver-Burk作图。一个酶促反应速度的倒数(1/v)对底物浓度的倒数(1/[s])的作图。X和y轴上的截距分别代表米氏常数(Km)和最大反应速度(Vmax)的倒数。

竞争性抑制作用(competitive inhibition)：

通过增加底物浓度可以逆转的一种酶抑制类型。一个竞争性抑制剂通常与正常的底物或配体竞争同一个蛋白质的结合部位。这种抑制使得Km增大，而Vmax不变。

非竞争性抑制作用(noncompetitive inhibition)：

抑制剂不仅与游离酶结合，也可以与酶-底物复合物结合的一种酶促反应抑制作用。这种抑制使得Vmax变小，但Km不变。

反竞争性抑制作用(uncompetitive inhibition)：

抑制剂只与酶-底物复合物结合，而不与游离酶结合的一种酶促反应抑制作用。这种抑制作用使得Vmax，Km都变小，但Vmax/Km比值不变。

丝氨酸蛋白酶(serine protease)：

活性部位含有在催化期间起着亲核体作用的丝氨酸残基的蛋白酶。

酶原(zymogen)：

通过有限蛋白水解能够由无活性变成具有催化活性的酶前体。

调节酶(regulatory enzyme)：

位于一个或多个代谢途径内的一个关键部位的酶，它的活性根据代谢的需要被增加或降低。

别构酶(allosteric enzyme)：

一种其活性受到结合在活性部位以外部位的其它分子调节的酶。

别构调节剂(allosteric modulator):

结合在别构酶的调节部位调节该酶催化活性的生物分子，别构调节剂可以是激活剂，也可以是抑制剂。

齐变模式(concerted model)：

相同配体与寡聚蛋白协同结合的一种模式。按照最简单齐变模式，由于一个底物或别构调节剂的结合，蛋白质的构象在T(对底物亲和性低的构象)和R(对底物亲和性高的构象)之间变换。这一模式提出所有蛋白质的亚基都具有同样的构象，或是T，或是R构象。

序变模式(sequential model)：

相同配体与寡聚蛋白协同结合的另外一种模式。按照最简单的序变模式，一个配体的结合会诱导它结合的亚基的三级结构的变化，以及使相邻亚基的构象发生很大的变化。按照序变模式，只有一个亚基对配体具有高的亲和性。

同功酶(isoenzyme或isozyme)：

催化同一化学反应而化学组成不同的一组酶。它们彼此在氨基酸序列、底物的亲和性等方面都存在着差异。

别构调节物(allosteric modulator)：

也称之别构效应物(allosteric effector)。结合在别构酶的调节部位，调节酶催化活性的生物分子。别构调节物可以是激活剂或抑制剂

维生素(vitamin)：

是一类动物本身不能合成但对动物生长和健康又是必需的有机化合物，所以必须从饮食中获得。许多辅酶都是由维生素衍生的。

水溶性维生素(water-soluble vitamins)：

一类能溶于水的有机营养分子。其中包括在酶的催化中起着重要作用的B族维生素以及抗坏血酸(维生素C)等。

脂溶性维生素(lipid vitamins)：

由长的碳氢链或稠环组成的聚戊二烯化合物。脂溶性维生素包括维生素A、D、E和K，这类维生素能被动物贮存。

辅酶(coenzyme)：

某些酶在发挥催化作用时所需要的一类辅助因子，其成分中往往含有维生素。

辅基(prosthetic group)：

是与酶蛋白共价结合的金属离子或一类有机化合物，用透析法不能除去。辅基在整个酶促反应过程中始终与酶的特定部位结合。