起始密码(iniation codon)：

指定蛋白质合成起始位点的密码。最常见的起始密码是蛋氨酸密码：AUG。

终止密码(termination codon)：

任何tRNA分子都不能正常识别的、但可被特殊蛋白结合并引起新合成的肽链从翻译机器上释放的密码。存在三个终止密码：UAG，UAA和UGA。

密码子(codon)：

mRNA(或DNA)上的三联体核苷酸残基序列，该序列编码着一个指定的氨基酸，tRNA的反密码子与mRNA的密码子互补。

反密码子(anticodon):

tRNA分子的反密码环上的三联体核苷酸残基序列。在翻译期间，反密码与mRNA中的互补密码结合。

简并密码子(degenerate codon)：

也称之同义密码子(synonymous codon)。是指编码相同氨基酸的几个不同的密码子。

氨基酸臂(amino arm):

也称之接纳茎(acceptor stem)。tRNA分子中靠近3ˊ端的核苷酸序列和5ˊ端的序列碱基配对，形成的可接收氨基酸的臂(茎)。

TψC臂(TψC arm)：

tRNA中含有胸腺嘧啶核苷酸-假尿嘧啶核苷酸-胞嘧啶核苷酸残基序列的茎环结构。

氨酰-tRNA(aminoacyl-tRNA)：

在氨基酸臂的3ˊ端的腺苷酸残基共价连接了氨基酸的tRNA分子。

同工tRNA(isoacceptor tRNA)：结合相同氨基酸的不同的tRNA分子。

摆动(wobble) ：

处于密码子3ˊ端的碱基和与之互补的反密码的5ˊ端的碱基之间的碱基配对有一定的宽容性，即处于反密码的5ˊ端的碱基(也称之摆动位置)，例如I可以与密码子上3ˊ端的U、C和A配对。由于存在摆动现象所以使得一个tRNA反密码子可以和一个以上的mRNA密码子结合。

氨酰-tRNA合成酶(aminoacyl-tRNA synthetase)：

催化特定氨基酸激活并共价结合在相应的tRNA分子3ˊ端的酶。

翻译起始复合体(translation initiation complex)：

由核糖体亚基、一个mRNA模板、一个起始的tRNA分子和起始因子组成并组装在蛋白质合成起始点的复合体。

读码框( reading frame)：

代表一个氨基酸序列的mRNA分子的非重叠密码序列。一个mRNA的读码框是由转录起始位置(通常是AUG密码)确定的。

SD序列(Shine-Dalgarno sequence)：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。

肽酰转移酶(peptidyl transferase)：

蛋白质合成期间负责转移肽酰基和催化肽键形成的酶。

嘌呤霉素(puromycin)：

通过整合到生长着的肽链，引起肽链合成提前终止来抑制多肽链合成的一种抗生素。

开放读码框(open reading frame)：

DNA 或RNA序列中一段不含终止密码的连续的非重叠核苷酸密码。

信号肽(signal peptide):

常指新合成多肽链中用于指导蛋白质跨膜转移(定位)的N-末端的氨基酸序列(有时不一定在N端)。

转录因子(transcription factor)：

在转录起始复合体的组装过程中，与启动子区结合并与RNA聚合酶相互作用的一种蛋白质。某些转录因子在RNA延伸时一直维持着结合状态。

操纵子(operons):

是由一个或多个相关基因以及调控它们转录的操纵基因和启动子序列组成的基因表达单位。

操纵基因(operator)：

与特定阻遏蛋白相互作用调控一个基因或一组基因表达的DNA区。

结构基因(structural gene)：编码一个蛋白质或一个RNA的基因。

转录激活剂(transcriptional activator)：

通过增加RNA聚合酶的活性来加快转录速度的一种调节DNA结合蛋白。

阻遏物(repressor)：

与一个基因的调控序列或操纵基因结合以阻止该基因转录的一类蛋白质。

衰减作用(attenuation)：

一种翻译调控机制。在该机制中，核糖体沿着mRNA分子的移动的速率决定转录是进行还是终止。

亮氨酸拉链(leucine zipper):

出现在DNA结合蛋白质和其它蛋白质中的一种结构基元(motif)。当来自同一个或不同多肽链的两个两性的α-螺旋的疏水面(常常含有亮氨酸残基)相互作用形成一个圈对圈的二聚体结构时就形成了亮氨酸拉链。

锌指(zinc finger)：

也是一种常出现在DNA结合蛋白质中的一种结构基元。是由一个含有大约30个氨基酸残基的环和一个与环上的4个Cys或2个Cys和2个His配位的Zn2+构成，形成的结构象个手指状。